夏代，今县境北部属仍国，中部属薛国，南部属留国。
商代，北部属任国，中部属 郳国、薛国，南部属留国。
西周，北部属任国、茅国，中部属滕国、薛国，南部属阳国。
春秋，北部属任国、邿国、邾国，中部属滕国、薛国，南部属逼阳国。
战国前期，北部、中部仍属任国、滕国、薛国，南部属宋国。周赧王二十九年（前286年），齐、楚、魏共灭宋国，北部属齐国，南部属楚国，楚国置湖陵县，治湖陵邑（在今张楼镇湖陵村）。
秦始皇二十六年（前221年），北半部分属薛郡的任城县、湖陵县、方与县、薛县；南半部分属泗水郡的广戚县、留县。
西汉，北半部属东平国的任城县，和山阳郡的湖陵县与新置的橐县；南半部属鲁国的薛县，沛郡的公丘县、沛县，和楚国的留县、广戚县。新天凤元年（14年），橐县改称高平县，湖陵县改称湖陆县，广戚县改称聚力县，唯留县依然。
东汉，聚力，恢复旧称。元和元年（84年），任城县从东平国析出，置任城国，治任城县。北部属任城国的任城、亢父县；中部分属山阳郡的高平、方与、湖陆县和沛国的公丘县，及鲁国的薛县；南部分属沛国的沛县、公丘县和彭城国的广戚县、留县。
三国魏，北半部分属任城郡的任城县和山阳郡的高平县、湖陆县及鲁郡的薛县；南半部分属沛国的公丘县、广戚县、沛县和彭城国的留县。
西晋，北半部分属任城国的任城县，和高平国的高平县、湖陆县；中部属鲁国的公丘县和薛县；南部分属沛国的沛县和彭城国的广戚县、留县。
东晋，北部任城县属任城郡。高平县、湖陆县，属高平郡(高平国更名)。公丘县、薛县属鲁郡。南部属沛郡的沛县和彭城郡的广戚县、留县。
十六国，先后入后赵、前燕、前秦、后燕，属县大致同东晋。
南北朝，南宋废任城郡，任城县入高平郡。永初三年（422年），废任城县入亢父县。大明元年（457年），废湖陆县入高平县，高平郡迁治高平县。同时，废广戚县入留县。留、沛县皆属沛郡。中部属彭城郡的蕃县、薛县。北魏复置任城县（神黾元年迁治今济宁任城区）。任城、高平县属高平郡。留、沛县属沛郡。蕃县、薛县、永兴县属彭城郡。北齐天保元年（551年）五月，迁高平郡治于任城县治，同时废高平县，其地域大部分划归方与县，小部分划入任城、驺县和沛、蕃县。废留县入沛县。
隋，北部属鲁郡的任城县、驺县；中部与南部分属彭城郡的方与县、滕县、沛县和留县。
唐，北部属兖州的任城、邹县、方与县；中部和南部属徐州的滕县、沛县和沂州的峄县。
五代十国后梁，北部分属兖州的任城、邹县和辉州的鱼台县；中部、南部属徐州的滕县、沛县和沂州的峄县。后唐、晋、汉，北部属兖州的任城、邹县和单州的鱼台县；中、南部分属徐州的滕县、沛县和沂州的峄县。后周，北部分属济州的任城、兖州的邹县和单州的鱼台县；中、南部分属徐州的滕县、沛县和沂州的峄县。
宋，北部分属济州的任城县、单州的鱼台县；中、南部分属徐州彭城郡的滕县、沛县和沂州琅邪郡的峄县。
金，北半部属济州的任城县、单州的鱼台县、滕州的滕县；南半部属滕州的沛县、邳州的峄县和徐州的彭城县。
元，县境大部分属济宁路济州的任城县、鱼台县、沛县。东南少部分为益都路峄州地，最南部为归德府徐州地。
明，北半部属济宁州、鱼台县、邹县、滕县；南半部为兖州府峄县地和徐州沛县地。
清，北部属济宁直隶州和鱼台县；中南部为山东省兖州府邹县、滕县、峄县地和江苏省徐州沛县、铜山县地。
1912年，沿清制。
1913～1928年，县境内大部分属济宁道的济宁县、邹县、鱼台、滕县、峄县；西南部少部分为江苏省徐海道沛县地。
1929～1938年，属第一行政督察区辖的济宁县、鱼台县、滕县、邹县和第三行政区辖的峄县，以及江苏省铜山行政区辖的沛县。
1939～1949年9月，分属第一行政区辖的邹县、鱼台县、滕县、峄县和第二行政区辖的济宁县，以及江苏省第九行政区辖的沛县。
1938年12月，建立沛滕边县，属苏鲁豫特区（亦称湖西特区）辖的丰沛鱼中心县。
1939年3月，建邹西县（亦称兖济邹鱼边县），属中共邹滕峄工委领导的地区。5月，邹西县改属苏鲁豫特区辖的湖边专区。沛滕边县改属沛县中心县。
1940年8月，沛滕边县、邹西县、滕西县同属湖区五县工委领导的地区。苏鲁豫特区降格为湖西专区，沛滕边县属之。
1941年，山东战时工作推行委员会（后改为战时行政委员会）成立，下设6个行政区。1月，邹西、滕西县撤销，改建为湖东县，属鲁南行政区第一专区。7月，湖西专区划归冀鲁豫区，改称晋冀鲁豫区二十一专区，沛滕边县属之。10月，撤销湖东县，建中共邹西工委，其领导的区域归属不变。 1942年8月，邹西工委改为湖东工委，仍属鲁南第一专区。
1943年4月，沛滕边县划归鲁南行政区，改属新建的鲁南运河专区（曾称沛滕峄工委）。9月，湖东工委改建为湖东县，其归属不变。
1944年10月，撤销湖东县，改建为凫山县；沛滕边县改称临城县，同属鲁南第二专区。
1946年4月，撤销鲁南第二专区及凫山县，县辖区分属济宁、邹、滕县。临城县属鲁南第三专区。10月，重建鲁南第二专区（路西办事处）及凫山县，临城县又归属第二专区。
1948年4月，撤销鲁南第二专区，凫山县改属鲁南第一专区，临城县改属第三专区。6月，鲁中南行政区建立，下设7个专区、两个市，凫山县属鲁中南第四专区，临城县属鲁中南第五专区。
1949年7月，原第四专区改称为尼山专区，凫山县属之；第五专区改称为台枣专区，临城县属之。12月，鲁中南行政区党委决定建立湖区办事处，辖微山、昭阳、独山、南阳四湖及沿湖部分村庄，下设5个分区，属台枣专区。
1950年5月，撤销湖区办事处，5个区分属沿湖各县。
1952年6月，重建湖区办事处，下辖4个分区，属滕县专区。
1953年，撤销湖区办事处，建立微山县，属济宁专区。
1968年5月，济宁专区改称济宁地区，微山县属之。
1983年9月，济宁地区撤销，济宁市由县级市升为省辖地级市，微山县属之。
行政区划
区划沿革
1953年，将原属山东、江苏两省6个县的4个镇302个村庄和4个水上渔民乡：嘉祥县44个村庄、鱼台县81个村庄、凫山县47个村庄、薛城县93个村庄、1个镇、峄县21个村庄、1个镇、沛县16个村庄、郭谷堆乡、新民乡、新河乡、黄河乡，划属微山县管辖。
1956年3月，撤销凫山、薛城县，将两县的22个乡184个村庄划归微山县。7月，将韩庄区马山乡的东马山等7个村庄，厉湾乡的厉湾等4个村庄，石楼乡的南石楼等14个村庄，共3个乡，25个村庄划归铜山县辖。9月，微山县将欢城等77个村庄又划归滕县。同时，峄县将前性义、后性义、大公、前寨、五里沟、丰楼6个村庄划归微山县。
1957年3月，滕县的峦谷堆、前留庄、后留庄划归微山县。峦谷堆并入羊庄乡；羊庄乡的马口村与留庄合并，增设留庄乡，属常口区。
1958年12月，济宁县马坡公社的58个自然村划归微山县，仍称马坡公社；滕县的建华公社（原殷庄乡）及洛房乡的7个村划归微山县，并入炬星公社。改炬星公社为夏镇公社；滕县的灯塔公社（原欢城区）划归微山县，并入宏光公社。改宏光公社为欢城公社；西湖公社改称留庄公社。
1960年1月，微山县将辛店、辛闸、孙庄、杨庄、田庄5个村，划归济宁县南阳湖农场。7月，枣庄市的马山、多义、朱庙、大柳庄、大洼、华桥、南马庄、新庄、罗庄、葛墟店、南周庄、大房头、北梁庄、小后庄、东官庄、西官庄、东岳庄、西岳庄、前王庄、后王庄、东刘庄、小黄庄、大黄庄、曹村、南谢、北谢、傅园、许庄、北张庄、田楼、刘傲、刘林、河西庄、北周庄等34个自然村，划归微山县，并入韩庄公社。
1962年5月，马坡公社的两城、北薄管区，鲁桥公社的陈庄、东单管区合并，建立两城公社。欢城公社的傅村、卜湾管区和夏镇公社的杨楼管区合并，建立傅村公社。
1965年4月，将昭阳、南阳两公社改建为区。
1966年1月，又将韩庄等8处公社改建为区。区下设人民公社。微山岛为县直属公社。
1969年1月，又将区改为公社，全县共设11处公社。
1971年1月，增设彭口闸、高楼、张楼、塘湖、侯楼5处公社。
1982年1月，将夏镇公社改称夏镇镇。
1984年4月，将韩庄、欢城、南阳、鲁桥4处人民公社改建为镇；将微山岛、塘湖、彭口闸、昭阳、高楼、傅村、张楼、留庄、两城、马坡、侯楼等11处人民公社改建为乡。8月，沛县的14个村庄划归微山县，分设两个乡。六营、西平、杨堂、孙庄、庞孟庄、东明6个自然村为西平乡；赵庙、楼、张庄、赵楼、王庄、曹庄、大挖工庄、中挖工庄8个自然村为赵庙乡。
1999年9月，撤销傅村乡，设立傅村镇。撤销留庄乡，设立留庄镇；
2000年12月，撤销塘湖乡，并入韩庄镇；撤销彭口闸乡、昭阳乡，并入夏镇镇；撤销侯楼乡，并入鲁桥镇。
2004年1月，撤销夏镇镇，设立夏镇街道、昭阳街道。原夏镇镇的奎文、戚城、城后、磨担街、谢桥、盐当、文昌、箭街、顺河、月河、青年、南门口、泰山、李楼、殷庄、李堂、付楼、马楼、周岭、朱庄、大刘楼、黄桥、曹庄、沙河崖、青山、部城东、古楼、南门外、部城西、沙谷堆、西刘、辛庄、大官口、童庄、黄庄、后村、前村、朱道沟、东翁楼、小官口、石坝、西寨、李谷堆、鹿湾、薛庄、杨闸、周庄、陆庄、亓楼、白庄、建新、西八里屯、吕庄、马庄、后鲍楼、后八里屯、严庄、前鲍楼、王庄、前八里屯、三里庄、贾庄、洛房、薛河头等64个村划归夏镇街道管辖；
原夏镇镇的三孔桥、十村、三孔桥东、老坝、寨子、南庄东、南庄西、西楼、微滨、新建、爱湖、大捐、薛河、十字河、网厂、西万一、西万二、西万三、西万四、西万五、西万六、蒋庄、刘昌庄、渐口东、渐口西、四新、种口二、种口三、种口四、三官庙、后学北、后学南、南坝、南埠庄、蒋集河南、蒋集河北、恩庄、运河、猛进等39个村划归昭阳街道管辖。
2010年，撤销两城乡，设立两城镇。撤销马坡乡，设立马坡镇。
2012年，撤销傅村镇，设立傅村街道。撤销赵庙乡，设立赵庙镇。
2013年，撤销张楼乡，设立张楼镇。 撤销微山岛乡，设立微山岛镇。
2014年，撤销西平乡，设立西平镇。
区划详情
截至2022年10月，微山县辖3个街道、11个镇、1个乡：夏镇街道、昭阳街道、傅村街道、韩庄镇、欢城镇、南阳镇、鲁桥镇、留庄镇、两城镇、马坡镇、赵庙镇、张楼镇、微山岛镇、西平镇、高楼乡。 县人民政府驻昭阳湖路9号。
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